Verksamheten är organiserad i tre enheter och ett sekretariat:

• Enheten för insatser, val och sekundering
• Enheten för fredsinsatser, ledarskap och jämställdhet
• Enheten för konfliktprevention, fredsbyggnad och samhällsstyrning
• Sekretariatet för strategistyrt utvecklingssamarbete

Till stöd för ledningen och verksamheten finns ett lednings- och verksamhetsstöd, som ansvarar för exempelvis ekonomi, registratur, arkiv, redovisning, planering, verksamhetssamordning, säkerhet, personal, kommunikation, beslutsstöd och IT.

Ledning

FBA leds av en myndighetschef, generaldirektören. Sedan 2012 är Sven-Eric Söder generaldirektör. Jonas Alberoth är ställföreträdande generaldirektör. Till sitt stöd har de en ledningsgrupp och ett insynsråd.

Ledningsgrupp

Ledningsgruppen är främst involverad i löpande frågor som rör planering, genomförande och uppföljning av verksamheten. Ledningsgruppen behandlar även frågor av strategisk karaktär för myndigheten.

I ledningsgruppen ingår, utöver generaldirektören och ställföreträdande generaldirektören:

Markus Derblom, chef för enheten för konfliktprevention, fredsbyggnad och samhällsstyrning

Anna Wikner, chef för enheten för insatser, val och sekundering

Johanna Gårdmark, chef för enheten för fredsinsatser, ledarskap och jämställdhet

Magdalena Tham Lindell, chef för sekretariatet för strategistyrt utvecklingssamarbete

Kicki Westin, kommunikationschef

Inger Näslund, ekonomichef

Anna Norberg, HR-chef

Kjell Rörström, säkerhetsskyddschef

Helén Jarlsvik, stabschef

Insynsråd

Insynsrådet fungerar som myndighetens högsta rådgivande organ. Rådets ledamöter utses av regeringen och sammanträder cirka en gång i halvåret. Generaldirektören håller rådet informerat om verksamheten samt är rådets ordförande.

Eva Lindblom, avdelningschef, Ekonomistyrningsverket

Kerstin Lundgren, riksdagsledamot för Centerpartiet, riksdagens utrikesutskott

Ann-Marie Orler, enhetschef för nationella operativa avdelningen (NOA), Polismyndigheten

Maria Strömvik, universitetslektor, filosofie doktor, Lunds universitet

Michael Claesson, brigadgeneral, biträdande chef för planerings-och policyenheten, Försvarsmakten

Jesper Bengtsson, chef för Tankesmedjan Tiden och chefredaktör för Tiden magasin

Rosaline Marbinah, vice ordförande i Utrikespolitiska förbundet och vice ordförande i LSU

Peter Wallensteen, senior professor i freds-och konfliktforskning, Uppsala universitet

Joakim Öjendal, professor i freds-och utvecklingsfrågor vid Göteborgs universitet